Почему пустая база непустая

В пустой базе удалено все что только можно. Остались только системные объекты, поля и связи, которые нужны программе. Объект «Пользователи» нужен для авторизации и прав доступа, «Валюты» и «Курсы валют» нужны для настройки многовалютного учета и т.д. Даже если некоторая функция программы и связанные с ней объекты вам не нужны, то их все равно нельзя удалить. Вдруг они понадобятся.

Системные объекты видны только при настройке конфигурации (в конфигураторе и в правах доступа). В настроенной конфигурации будет видно только то, что вы укажете. А значит вашим пользователям не будут мешаться системные объекты при работе в программе.